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中国科学院光电技术研究所
光电技术研究所始建于1970年，是中国科学院在西南地区规模最大的研究所。光电所主要研究领域及学科方向包括：光电跟踪测量、光束控制、自适应光学、天文目标光电观测与识别、先进光学制造、航空航天光电设备、微纳光学及微电子光学、生物医学光学等。光电所建有微细加工光学技术国家重点实验室、中国科学院光束控制重点实验室、中国科学院自适应光学重点实验室等9个创新研究室，以及中科院成都几何量及光电精密机械测试实验室；还建有精密机械制造、先进光学研制、轻量化镜坯研制、光学工程总体集成、质量检测等5个研制中心，以及科技信息中心等技术保障中心。
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中国科学院南京地质古生物研究所
中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年，其前身为前中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室(组)，目前是我国唯一的从事古生物学(古无脊椎动物学与古植物学)和地层学研究的专业机构。
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福建社会科学院
福建社会科学院是福建省唯一综合性社会科学研究机构。福建省曾于1960年7月成立中国科学院福建分院哲学社会科学学部，该学部于1962年撤销。1978年2月重建福建省哲学社会科学研究所。1982年4月改称福建社会科学院至今。目前全院共有内设机构17个。研究机构10个：经济、亚太经济、华侨华人、现代台湾、文学、历史、哲学、社会学、法学、精神文明研究所；图书出版机构2个：《福建论坛》杂志社、文献信息中心。编辑出版4种杂志：《福建论坛·人文社会科学版》（月刊）、《学术评论》（双月刊）、《亚太经济》（双月刊）、《现代台湾研究》（双月刊）。除此之外，还编有《福建社会科学院专报》，以及《台情要报》等内刊。
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中国科学院古脊椎动物与古人类研究所
中国科学院古脊椎动物与古人类研究所（简称“中科院古脊椎所”）最早前身是农矿部地质调查所新生代研究室，1929年4月成立于北京，主要从事周口店北京猿人遗址的发掘及化石研究。1951年归入在南京创建的中国科学院古生物研究所，改称新生代与脊椎古生物研究组。1953年从古生物研究所分出，在北京建立中国科学院古脊椎动物研究室。1957年升格为古脊椎动物研究所。1960年改称为中国科学院古脊椎动物与古人类研究所至今，现位于北京市西城区西直门外大街142号。研究所面向国际学术前沿和国家战略需求，充分发挥化石资源优势，以建设国家古脊椎动物与古人类学基础研究领域的科研和学术思想中心、科技人才培养中心、化石标本和现代骨骼标本收藏中心和科学普及中心为发展定位，力争率先进入世界著名研究所行列，保持我国古脊椎动物与古人类学基础研究在国际上的先进地位，在提高人类对生命与地球演化规律认识等方面做出重大创新贡献。
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中国科学院华南植物园
中国科学院华南植物园是我国历史最悠久的植物学研究机构之一，前身为国立中山大学农林植物研究所，由著名植物学家陈焕镛院士于1929年创建。1954年改隶中国科学院并易名中国科学院华南植物研究所，1956年建立华南植物园以及我国第一个自然保护区―鼎湖山国家级自然保护区，2003年10月更名为中国科学院华南植物园。2018年以来，华南植物园实现整体进入中国科学院核心植物园，部分进入南海生态环境工程创新研究院、种子创新研究院和药物创新研究院的“率先行动计划”总目标。
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中国科学院分子植物科学卓越创新中心
分子植物卓越中心是基于植物生理生态研究所而新建的实体化运作的四类机构，自2020年3月16日起成为中国科学院直属的独立事业法人科研机构。植物生理生态研究所系由原中国科学院上海植物生理研究所与原中国科学院上海昆虫研究所于1999年5月19日整合而成。分子植物卓越中心将聚焦植物遗传、发育、生理及其与环境互作的重大基础科学问题及科技前沿，开展原创性、系统性的基础和应用基础研究，为现代农业、生态环境和人民健康服务。五个重点培育方向：植物生长发育的分子机理，植物表观遗传调控机制研究，昆虫-微生物-植物分子互作，昆虫发育与环境适应的分子机制，人工合成生物与先进生物制造。
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中国科学院沈阳应用生态研究所
中国科学院沈阳应用生态研究所成立于1954年，其前身为中国科学院林业土壤研究所，1987年更为现名，2001年成为国家知识创新工程试点单位，2015年成为中国科学院“生态文明建设”领域首批特色研究所试点单位。学科定位为以陆地生态系统为研究对象，以现代生态学为主攻学科，主要开展宏观生态学、系统生态学、实验生态学，生物工程与生物技术等领域的研究。沈阳生态所设有森林生态与林业生态工程研究中心、土壤生态与农业生态工程研究中心、污染生态与环境生态工程研究中心、景观生态与区域规划研究中心、生物资源与生物技术研究中心等五个研究中心。
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中国科学院微生物研究所
中国科学院微生物研究所成立于1958年12月3日，其前身是中国科学院应用真菌研究所和中国科学院北京微生物研究室，目前已发展成为一个具有雄厚基础、强大实力和广泛影响的综合性微生物学研究和微生物技术研发机构。微生物所围绕“生命与健康”和“资源生态环境”创新领域，以微生物资源、微生物技术、病原微生物与免疫为主要研究领域，在研究微生物生物多样性、基本生命特征和生态功能的基础上，努力创建从微生物资源开发、功能改造和利用、生物技术创新到成果转化的自主研发体系，以服务国民经济主战场，服务国家重大需求，创建世界一流的微生物学研究中心和微生物技术研发基地。
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中国科学院上海巴斯德研究所
上海巴斯德所于2004年10月11日揭牌成立，2005年7月开始运行，2007年7月23日获中央机构编制委员会办公室批复，是中科院唯一整建制从事人类传染性疾病基础研究和相关技术应用的综合性研究机构。自2017年开始，上海巴斯德所共建方变更为中国科学院和法国巴斯德研究所。2019年12月9日，中国科学院党组将上海巴斯德研究所正式纳入直属事业单位的管理序列。上海巴斯德所聚焦病原微生物基本生命活动规律、重大传染性疾病的致病机制等关键科学问题，推动病原学、免疫学和疫苗学知识创新与学科发展。以解决病原发现、生物治疗（抗体、疫苗等）、军民两用的共性瓶颈技术问题为着力点，重点为我国面临的公共卫生与生物安全提供科技支撑和解决方案。
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北京市社会科学院
是隶属于北京市委市政府的综合性社会科学研究机构，其前身是北京市社会科学研究所。于1978年8月成立。1986年1月，北京市社会科学研究所更名为北京市社会科学院。
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