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中国科学院水生生物研究所
中国科学院水生生物研究所是从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术研究机构，其前身是1930年1月在南京成立的国立中央研究院自然历史博物馆。水生所战略定位和发展目标是，面向国家在水环境保护、渔业可持续发展和微藻生物能源利用方面的重大战略需求，围绕内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用领域的基础性、战略性和前瞻性重大科技问题，着力重大理论创新和核心技术突破，强化创新价值链的延伸，在水环境保护、淡水渔业和微藻生物能源领域发挥引领示范作用。目前水生所设有水生生物多样性与资源保护研究中心、淡水生态学研究中心、鱼类生物学及渔业生物技术研究中心、水环境工程研究中心、水生生物分子与细胞生物学研究中心和藻类生物学及应用研究中心等6个研究中心、共计65个学科组。
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中国科学院声学研究所
中国科学院声学研究所成立于1964年，其前身是中国科学院电子学研究所的水声学研究室、空气声学研究室、超声学研究室和位于海南、上海、青岛的3个研究站，是从事声学和信息处理技术研究的综合性研究所，目前，声学所在北京设有声场声信息国家重点实验室、国家网络新媒体工程技术研究中心等9个研究单元；在海南建有南海研究站、在上海建有东海研究站、在青岛建有北海研究站，在嘉兴市与地方政府共建了声学技术转移中心。
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中国科学院广州地球化学研究所
广州地球化学研究所的前身为中国科学院地球化学研究所广州分部。1987年，中国科学院地球化学研究所整建制搬迁部分学科、研究室、学术带头人与原中国科学院广州地质新技术研究所合并，成立中国科学院地球化学研究所广州分部。1994年经中央机构编制委员会办公室批准使用现名。广州地化所现有有机地球化学、同位素地球化学2个国家重点实验室，边缘海与大洋地质、矿物学与成矿学2个中国科学院重点实验室，资源环境利用与保护、矿物物理与矿物材料研究开发2个广东省重点实验室，国家大型科学仪器中心“广州质谱中心”，中国科学院珠江三角洲环境污染与控制研究中心，与香港大学地球科学系联合建立的“化学地球动力学联合实验室”，与香港理工大学共建的“粤港澳大湾区环境污染研究与控制联合实验室”，与英国兰卡斯特大学环境中心和城市环境所联合组建的“国际环境研究与创新中心”，与澳门科技大学、香港大学共建的“粤港澳大湾区地球和行星科学联合研究中心”等。
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中国科学院生物物理研究所
中国科学院生物物理研究所是国家生命科学基础研究所，创建于1958年，其前身是1957年建立的北京实验生物研究所。研究所的定位是：充分发挥多学科交叉的综合优势，在蛋白质科学、脑与认知科学、感染与免疫、核酸生物学等学科前沿领域实现基础性、前瞻性、战略性突破，加强生命科学领域关键装备的创新研制，实现关键技术和实验方法的重点突破，构建以生物制药和体外诊断为重点的转化型研究体系，在国家创新体系中发挥源头创新和骨干、引领作用。生物物理所拥有生物大分子、脑与认知科学两个国家重点实验室，感染与免疫、核酸生物学两个中国科学院重点实验室，蛋白质与多肽药物和交叉科学两个重点实验室以及依托二者建设的“北京市生物大分子药物转化工程技术中心”和“北京市生物医学分子检测工程技术研究中心”。
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中国科学院信息工程研究所
中国科学院信息工程研究所，面向国家战略需求，在信息安全科技领域，开展基础理论与前沿技术研究，开发应用性技术与系统，为国家信息化进程提供核心关键技术支撑与系统解决方案。主要研究方向是密码理论与安全协议、信息智能处理、数据安全、通信与电磁安全、网络与系统技术、信息系统测试评估技术等。目前承担了多项国家重大科技专项、国家973计划、863计划、科技支撑计划项目，国家自然科学基金项目，国家重大信息工程建设与中科院知识创新工程重大、重点项目。是中国科学院战略性先导科技专项“面向感知中国的新一代信息技术研究”的牵头组织单位。
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中国科学院苏州生物医学工程技术研究所
苏州医工所是中国科学院唯一以生物医学仪器、试剂和生物材料为主要研发方向的国立研究机构，由中国科学院、江苏省和苏州市人民政府三方共同出资建设。2012年11月通过验收。研究所围绕医用光学技术、医学检验技术、医学影像技术、医用声学技术、医用电子技术和康复工程技术等研究方向，设立了9个研究室。已建成中国科学院生物医学检验技术重点实验室、江苏省医用光学重点实验室和9个苏州市高技术研究重点实验室。
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中国科技技术信息研究所与国家工程技术数字图书馆
中国科技技术信息研究所与国家工程技术数字图书馆门户网站系统是在整合中国科学技术信息研究所、国家工程技术数字图书馆所有本地馆藏资源、自建特色资源、采购的网络数据库资源的基础上，为用户提供数字资源的全方位资源导航、馆藏检索、统一资源搜索，并为用户提供文献原文传递、代查代借、科技查新、收录引证、参考咨询服务的增值信息服务平台。中国科技技术信息研究所与国家工程技术数字图书馆门户网站系统是由北京万方数据股份有限公司软件产品中心，利用万方数据统一资源整合服务平台系统软件（UNIRMS.Net V3.0）作为应用开发平台设计和制作。
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中国科学院自动化研究所
中国科学院自动化研究所成立于1956年10月，是我国最早成立的国立自动化研究机构和最早开展类脑智能研究的国立研究机构。自动化所现设科研开发部门14个，包括模式识别国家重点实验室、复杂系统管理与控制国家重点实验室、国家专用集成电路设计工程技术研究中心、中国科学院分子影像重点实验室、脑网络组研究中心等科研部门。还有若干与国际和社会其他创新单元共建的各类联合实验室和工程中心。
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中国科学院沈阳自动化研究所
中国科学院沈阳自动化研究所成立于1958年，主要研究方向是机器人、智能制造和光电信息技术。研究所在沈阳拥有南塔街、新岛街和创新路三处所区，在广州、义乌、扬州、苏州、昆山拥有5个分支机构。主办中国科技核心刊物《机器人》和《信息与控制》。
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水利部农村电气化研究所
水利部农村电气化研究所（亚太地区小水电研究培训中心）成立于1981年，是我国唯一的致力于农村水电及电气化发展研究和服务的专业研究所，2002年1月划归南京水利科学研究院管理。
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