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中国科学院南京地质古生物研究所
中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年，其前身为前中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室(组)，目前是我国唯一的从事古生物学(古无脊椎动物学与古植物学)和地层学研究的专业机构。
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中国科学院古脊椎动物与古人类研究所
中国科学院古脊椎动物与古人类研究所（简称“中科院古脊椎所”）最早前身是农矿部地质调查所新生代研究室，1929年4月成立于北京，主要从事周口店北京猿人遗址的发掘及化石研究。1951年归入在南京创建的中国科学院古生物研究所，改称新生代与脊椎古生物研究组。1953年从古生物研究所分出，在北京建立中国科学院古脊椎动物研究室。1957年升格为古脊椎动物研究所。1960年改称为中国科学院古脊椎动物与古人类研究所至今，现位于北京市西城区西直门外大街142号。研究所面向国际学术前沿和国家战略需求，充分发挥化石资源优势，以建设国家古脊椎动物与古人类学基础研究领域的科研和学术思想中心、科技人才培养中心、化石标本和现代骨骼标本收藏中心和科学普及中心为发展定位，力争率先进入世界著名研究所行列，保持我国古脊椎动物与古人类学基础研究在国际上的先进地位，在提高人类对生命与地球演化规律认识等方面做出重大创新贡献。
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中国科学院沈阳应用生态研究所
中国科学院沈阳应用生态研究所成立于1954年，其前身为中国科学院林业土壤研究所，1987年更为现名，2001年成为国家知识创新工程试点单位，2015年成为中国科学院“生态文明建设”领域首批特色研究所试点单位。学科定位为以陆地生态系统为研究对象，以现代生态学为主攻学科，主要开展宏观生态学、系统生态学、实验生态学，生物工程与生物技术等领域的研究。沈阳生态所设有森林生态与林业生态工程研究中心、土壤生态与农业生态工程研究中心、污染生态与环境生态工程研究中心、景观生态与区域规划研究中心、生物资源与生物技术研究中心等五个研究中心。
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中国科学院微生物研究所
中国科学院微生物研究所成立于1958年12月3日，其前身是中国科学院应用真菌研究所和中国科学院北京微生物研究室，目前已发展成为一个具有雄厚基础、强大实力和广泛影响的综合性微生物学研究和微生物技术研发机构。微生物所围绕“生命与健康”和“资源生态环境”创新领域，以微生物资源、微生物技术、病原微生物与免疫为主要研究领域，在研究微生物生物多样性、基本生命特征和生态功能的基础上，努力创建从微生物资源开发、功能改造和利用、生物技术创新到成果转化的自主研发体系，以服务国民经济主战场，服务国家重大需求，创建世界一流的微生物学研究中心和微生物技术研发基地。
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中国科学院上海巴斯德研究所
上海巴斯德所于2004年10月11日揭牌成立，2005年7月开始运行，2007年7月23日获中央机构编制委员会办公室批复，是中科院唯一整建制从事人类传染性疾病基础研究和相关技术应用的综合性研究机构。自2017年开始，上海巴斯德所共建方变更为中国科学院和法国巴斯德研究所。2019年12月9日，中国科学院党组将上海巴斯德研究所正式纳入直属事业单位的管理序列。上海巴斯德所聚焦病原微生物基本生命活动规律、重大传染性疾病的致病机制等关键科学问题，推动病原学、免疫学和疫苗学知识创新与学科发展。以解决病原发现、生物治疗（抗体、疫苗等）、军民两用的共性瓶颈技术问题为着力点，重点为我国面临的公共卫生与生物安全提供科技支撑和解决方案。
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中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）
中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心是中国科学院依据“率先行动”计划、在脑科学与智能技术领域设立的卓越创新中心。中心目标：以脑认知功能的神经基础、类脑智能计算模型为核心科学问题，通过脑科学与智能技术的交叉融合，取得重大创新成果；研发脑研究新技术，针对国家重大需求，开展脑疾病机理研究与早期诊断和干预手段研发等有应用前景的前沿工作；利用我国交叉学科的专长、脑疾病样本的丰富资源和非人灵长类动物模型的优势，在脑科学前沿领域，取得国际领先的成果；研究并借鉴脑信息处理机制，通过类脑器件、芯片和类脑机器人等系统的突破，实现类脑智能软硬件系统，引领我国智能产业的发展，增强国际竞争力。
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中国科学院上海微系统与信息技术研究所
中国科学院上海微系统与信息技术研究所原名中国科学院上海冶金研究所，前身是成立于1928年的国立中央研究院工程研究所，是我国最早的工学研究机构之一。
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中国科普研究所
中国科普研究所于1980年由中国著名科学家、科普作家高士其先生提议，经国务院批准成立。它是直属于中国科学技术协会的中央级公益性科研院所，是中国唯一国家级从事科技传播和科普理论研究的机构，是中国科普作家协会的挂靠单位。中国科普研究所主要研究范围包括科技传播对象、内容、渠道及机制等理论研究，公众科学素养的调查、监测和分析，科普效果评估，青少年创造能力培养的调查及理论研究，科技科普教育的理论研究，国外科技传播研究，国内外科普作品和作家研究等。编辑出版《科普研究》《科普创作》期刊。
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广东省文物考古研究所
广东省文物考古研究所成立于1990年，其前身为广东省博物馆文物工作队，隶属广东省文化厅，为正处级独立法人单位，具有考古发掘团体领队资格及文物保护工程勘察设计乙级资质，承担全省（除广州、深圳、珠海）的考古调查、勘探、发掘及文物保护规划编制、古遗址古墓葬保护、古建筑勘察设计等工作。
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自然资源部第一海洋研究所
海洋一所，现隶属于自然资源部，始建于1958年，为海军第四海洋研究所，1964年整建制划归原国家海洋局，更名为国家海洋局第一海洋研究所，2018年并入自然资源部，更名为自然资源部第一海洋研究所，是从事基础研究、应用基础研究和社会公益服务的综合性海洋研究所，共占地170余亩，拥有崂山所区和鳌山所区（在建）。研究所以促进海洋科技进步，海洋资源环境管理和海洋经济发展服务为宗旨，是国家科技创新体系的重要海洋科研实体。主要研究领域为中国近海、大洋和极地海域自然环境要素分布及变化规律，包括海洋资源与环境地质；海洋灾害发生机理及预测方法；海气相互作用与气候变化；海洋生态环境变化规律和海岛海岸带保护与综合利用等。
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