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中国科学院物理研究所
中国科学院物理研究所成立于1950年8月15日，其前身是成立于1928年的国立中央研究院物理研究所和成立于1929年的北平研究院物理研究所，1950年在两所合并的基础上成立了中国科学院应用物理研究所，1958年9月30日启用现名。物理所是以物理学基础研究与应用基础研究为主的多学科、综合性研究机构。研究方向以凝聚态物理为主，包括凝聚态物理、光学物理、原子分子物理、等离子体物理、软物质物理、凝聚态理论和计算物理等。
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中国科学院昆明植物研究所
昆明植物所是中国科学院直属科研机构，是我国植物学、植物化学领域重要的综合性研究机构。研究所以“原本山川极命草木”为所训，旨在认识植物、利用植物、造福于民。研究所前身是静生生物调查所和云南省教育厅于1938年7月合作成立的云南农林植物研究所。1950年4月转属中国科学院，更名为中国科学院植物分类研究所昆明工作站。1953年3月更名为中国科学院植物研究所昆明工作站。1959年4月，经国家科委批准，正式成立中国科学院昆明植物研究所。研究所建有昆明和丽江两个园区，其中昆明占地面积1018亩。研究系统设置“三室一库”，即植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室、中国科学院东亚植物多样性与生物地理学重点实验室、资源植物与生物技术重点实验室、中国西南野生生物种质资源库。植物标本馆（KUN）馆藏标本150余万份，是全国第二大植物标本馆。种质资源库已保存野生植物种子10048种，约占中国植物物种总数1/3。现有参股企业3家，其中云南云投生态环境科技股份有限公司为深圳证券交易所上市企业。
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中国科学院过程工程研究所
中国科学院过程工程研究所前身是1958年成立的中国科学院化工冶金研究所。五十多年来，研究范围逐步扩展到能源化工、生化工程、材料化工、资源/环境工程等领域，学科方向由“化工冶金”发展为“过程工程”。2001年更为现名。现拥有中关村本部、廊坊分部和郑州分所三个园区，中关村本部面向基础理论侧重原始创新，廊坊分部支撑成果转化进行模式验证，郑州分所推进产业应用进行示范工程，形成“一所两翼”研发格局。研究所现有四个国家级研发平台：生化工程国家重点实验室、多相复杂系统国家重点实验室、湿法冶金清洁生产技术国家工程实验室、国家生化工程技术研究中心（北京）；六个省部级研发平台：中科院绿色过程与工程重点实验室、离子液体清洁过程北京市重点实验室、纳米材料北京市工程技术研究中心、过程污染控制环境工程研究中心、生物质研究中心、循环经济技术研究中心。
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中国科学院东北地理与农业生态研究所
中国科学院东北地理与农业生态研究所，是中国科学院设在东北地区的综合性地理学、农学、生态学、环境科学与技术研究机构和人才培养基地，于2002年由原中国科学院长春地理研究所和原中国科学院黑龙江农业现代化研究所整合组建而成。研究所重点开展农业生态、湿地生态、遥感与地理信息、环境与区域发展等学科领域的研究，旨在为保障国家粮食安全、生态安全和东北老工业基地振兴做出基础性、战略性和前瞻性贡献。研究所构筑了包括3个中国科学院重点实验室、2个研究中心、12个野外实验站，24个农业研究与示范基地的科学研究及技术示范体系。
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中国科学院新疆天文台
中国科学院新疆天文台始建于1957年，原名为中国科学院乌鲁木齐人造卫星观测站，1987年更名为中国科学院乌鲁木齐天文站，2001年4月更名为中国科学院国家天文台乌鲁木齐天文站，2011年1月更名为现名。新疆天文台是中国综合性天文台之一，是中国西部地区唯一的天文研究机构。新疆天文台研究领域包括射电天文、光学天文和应用天文，主要从事脉冲星、恒星形成与演化、星系宇宙学、高能天体物理、天体化学演化、粒子天体物理、卫星导航等方面的理论与实测研究，并开展微波接收机、射电望远镜结构与控制、数字信号处理等方面的技术与设备研发。运行中国科学院射电天文重点实验室（成员）、新疆射电天体物理重点实验室、新疆大学—国家天文台联合天体物理中心、射电天文与技术国际联合研究中心、中国—中亚天文学史联合研究中心。新疆天文台运行南山、喀什、奇台三个基地型野外观测站，有25米射电望远镜、1米、1.2米等光学望远镜。
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中国科学院南京土壤研究所
南京土壤研究所成立于1953年，其前身为1930年创立的中央地质调查所土壤研究室。南京土壤研究所现有土壤与农业可持续发展国家重点实验室、土壤养分管理国家工程实验室、农田土壤污染防控与修复技术国家工程实验室、中科院土壤环境与污染修复重点实验室、农业部耕地保育综合性重点实验室等重要研究平台；设有土壤资源与信息、土壤地力与保育、土壤环境与修复、植物营养与肥料、土壤生物与生态等5个研究部以及土壤资源与遥感应用、土壤－植物营养与肥料、土壤化学与环境保护、土壤物理与盐渍土、土壤生物与生化、土壤与环境生物修复、土壤利用与环境变化等研究单元；还拥有土壤科学数据中心（中国生态系统研究网络土壤分中心）、河南封丘农田生态系统国家野外科学观测研究站、江西鹰潭农田生态系统国家野外科学观测研究站、江苏常熟农田生态系统国家野外科学观测研究站、中国科学院三峡工程生态环境湖北秭归实验站。
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中国科学院南京地理与湖泊研究所
地理与湖泊研究所的前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所，是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的综合研究机构。研究所的战略定位是开展自然和人文要素驱动下湖泊－流域系统过程、格局及其相互作用与调控机理研究，为湖泊环境保护与资源合理利用、湖泊-流域系统演变与调控、区域可持续发展做出基础性、战略性和前瞻性贡献。研究所主要面向湖泊水环境治理与生态修复、区域可持续发展规划与评估两大应用研究领域，重点发展物理湖泊与水文、湖泊生物与生态、湖泊沉积与环境演化、湖泊环境与工程、湖泊-流域过程与调控、流域资源与生态环境、区域人文经济地理和遥感与地理信息科学等八个学科方向。现设有湖泊与环境国家重点实验室、中国科学院流域地理学重点实验室、湖泊野外观测站（含太湖湖泊生态系统研究站、鄱阳湖湖泊湿地观测研究站、抚仙湖高原深水湖泊研究站、呼伦湖生态系统定位观测研究站、天目湖流域观测研究站和东非大湖与城市生态研究站）、湖泊-流域数据集成与模拟中心以及所级公共技术服务中心。
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中国科学院理化技术研究所
中国科学院理化技术研究所组建于1999年6月，是以原中国科学院感光化学研究所、低温技术实验中心为主体，联合北京人工晶体研究发展中心和化学研究所的相关部分整合而成。设有物理学、化学、动力工程及工程热物理3个一级学科博士、硕士研究生培养点，化学工程与技术一级学科硕士研究生培养点，材料学二级学科博士、硕士研究生培养点，动力工程、化学工程、光学工程、材料工程4个专业学位硕士研究生培养点，化学、物理学、动力工程及工程热物理3个一级学科博士后流动站。理化所是以物理、化学和工程技术为学科背景，以高科技创新和成果转移转化研究为职责使命的研究机构。主要研究领域为光化学转换与功能材料、低温科学与工程、功能晶体与激光技术、仿生智能界面材料、特种功能材料与生物医用技术。全所现有1个国家级工程研究中心，1个国家级重点实验室，6个中科院重点实验室，2个北京市重点实验室，若干研究中心和研究组。中国感光学会、中国化学会光化学专业委员会、中国制冷学会低温专业委员会和中国化工学会化工新材料委员会光催化材料及应用分会等挂靠在理化所。负责编辑出版《影像科学与光化学》学术期刊。
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中国科学院水生生物研究所
中国科学院水生生物研究所是从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术研究机构，其前身是1930年1月在南京成立的国立中央研究院自然历史博物馆。水生所战略定位和发展目标是，面向国家在水环境保护、渔业可持续发展和微藻生物能源利用方面的重大战略需求，围绕内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用领域的基础性、战略性和前瞻性重大科技问题，着力重大理论创新和核心技术突破，强化创新价值链的延伸，在水环境保护、淡水渔业和微藻生物能源领域发挥引领示范作用。目前水生所设有水生生物多样性与资源保护研究中心、淡水生态学研究中心、鱼类生物学及渔业生物技术研究中心、水环境工程研究中心、水生生物分子与细胞生物学研究中心和藻类生物学及应用研究中心等6个研究中心、共计65个学科组。
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中国科学院声学研究所
中国科学院声学研究所成立于1964年，其前身是中国科学院电子学研究所的水声学研究室、空气声学研究室、超声学研究室和位于海南、上海、青岛的3个研究站，是从事声学和信息处理技术研究的综合性研究所，目前，声学所在北京设有声场声信息国家重点实验室、国家网络新媒体工程技术研究中心等9个研究单元；在海南建有南海研究站、在上海建有东海研究站、在青岛建有北海研究站，在嘉兴市与地方政府共建了声学技术转移中心。
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