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中国科学院南京分院
中国科学院南京分院是中国科学院的派出机构，负责联络和协调中国科学院在江苏地区的研究所，协助做好各单位领导干部队伍建设，指导属地研究所党建、纪检和监察工作，负责江苏、江西两省的院地合作和中科院院士联络。1950年中国科学院接管原中央研究院在南京的科研单位，成立中国科学院华东办事处。1978年11月，经批准建立中国科学院南京分院。南京分院系统现有九家法人研究机构，包括：紫金山天文台、南京地质古生物研究所、南京土壤研究所、南京地理与湖泊研究所、国家天文台南京天文光学技术研究所、中科院南京天文仪器有限公司、苏州纳米技术与纳米仿生研究所、苏州生物医学工程技术研究所，江苏省中国科学院植物研究所。南京分院系统拥有国家重点实验室3个、国家工程实验室2个、部委综合实验室1个，中科院重点实验室11个（含筹）。建有野外工作台站15个，其中国家重点台站4个。
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中国科学院武汉分院
中国科学院武汉分院筹建于1956年，1958年7月正式成立。中国科学院武汉分院是中国科学院在武汉的派出机构，其主要职能是，协助院进行所在地区研究所领导班子建设，在授权范围内代表中国科学院与地方开展合作，为所在地区研究所提供服务，承办院交办的有关事务。武汉分院系统包括7个独立法人单位，即分院机关、武汉岩土力学研究所、精密测量科学与技术创新研究院、武汉病毒研究所、水生生物研究所、武汉植物园、武汉文献情报中心。此外，还包括非独立法人的中国科学院武汉教育基地。现有5个国家重点实验室，2个国家级工程技术研究中心，7个中国科学院重点实验室，4个湖北省重点实验室。武汉分院各研究所以基础研究、应用研究为主。其主要研究领域包括岩土力学工程、地层信息系统、地基工程、波谱与原子分子、电离层、原子频标、数学物理、普通病毒学、生物防治、分析生物技术、大地测量、地球物理、环境科学、水生态环境、水生生物资源、淡水渔业、植物资源保护与开发利用、植物遗传、水生植物等。
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中国科学院沈阳分院
中国科学院沈阳分院是中国科学院的派出机构，负责联络和协调中国科学院在辽宁省和山东省的研究所。沈阳分院的前身是1952年成立的中国科学院东北分院，负责管理中国科学院驻东北的工业化学研究所等8个科研单位。沈阳分院系统现有7个法人研究所：在辽宁省的大连化学物理研究所、金属研究所、沈阳应用生态研究所、沈阳自动化研究所，在山东省的海洋研究所、青岛生物能源与过程研究所、烟台海岸带研究所。沈阳分院主要负责研究所的领导班子建设和科研成果向地方的转移转化工作（院地合作工作），此外，还负责联系中国科学院控股有限公司所属的沈阳计算技术研究所有限公司和沈阳科学仪器股份有限公司（转制公司）的党建与创新文化和院地合作工作。沈阳分院系统各研究所（转制公司）拥有国家级重点实验室6个、国家工程中心10个，主要研究领域以技术科学和资源环境科学为主，包括化学与化工技术、材料科学与工程、工业控制与自动化、机器人技术、计算机应用与信息技术、数控技术、生物技术、能源科学与技术、农业技术、海洋技术、环境科学与工程、生态工程与环保技术等。
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中国科学院学部
中国科学院学部成立于1955年，是国家在科学技术方面的最高咨询机构。负责对国家科学技术发展规划、计划和重大科学技术决策提供咨询，对国家经济建设和社会发展中的重大科学技术问题提出研究报告，对学科发展战略和中长期目标提出建议，对重要研究领域和研究机构的学术问题进行评议和指导。
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中国科学院人事局
主要负责人力资源规划、政策、规章制度等的研究制定，领导干部队伍建设与管理，各类人才计划、博士后等综合管理，机构设置、事业编制与岗位配置管理，薪酬、激励、保障等人事管理，职工继续教育与培训工作，院机关人事管理等，对口联系国家有关部门，承担院领导交办的工作。
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中国科学院心理研究所
中国科学院心理研究所成立于1951年，前身为创建于1929年的中央研究院心理研究所。心理所的战略定位是：探索人类心智本质，揭示心理和行为的生物学基础与环境影响机制，为促进国民心理健康和推动社会和谐发展提供重要知识基础和科技支撑，成为引领我国心理科学发展并有重要影响力的国际著名研究机构、服务国家科技创新与城镇化发展的心理学科技智库。心理所是中国科学院心理健康重点实验室和中国科学院行为科学重点实验室的依托单位，设有健康与遗传心理学、认知与发展心理学、社会与工程心理学3个研究室。
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中国农业科学院茶叶研究所
中国农业科学院茶叶研究所是我国唯一的国家级综合性茶叶科研机构，位于浙江省杭州市西湖风景区。1956年经国务院科技规划委批准筹建，1958年9月1日挂牌成立。研究所主要从事茶叶基础和应用基础科学、科技产业开发、茶叶质量安全检测、产业经济、有机茶认证、茶业职业技能培训、学术期刊编辑等领域的研究和服务工作，同时广泛开展国内外合作交流和高层次人才培养等工作。
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中国科学院南海海洋研究所
中国科学院南海海洋研究所成立于1959年1月，是国立综合性海洋研究机构。重点研究热带边缘海海洋水圈－地圈－生物圈圈层结构及其相互作用特征与演变规律，探讨其对资源形成和环境变化的控制和影响，发展具有南海特色的热带海洋资源与环境过程理论体系和应用技术。以生态安全与绿色发展、海-陆-气相互作用与环境安全、边缘海与大洋板块相互作用和岛礁工程环境保障为战略主题，聚焦生态文明和国防安全建设工程，着力突破海洋领域前沿科学问题和关键核心技术，力争建成国际水平的热带海洋科学研究、人才培养、成果转移转化三高地，从而为发展我国海洋经济和维护海洋权益做出基础性、战略性和前瞻性贡献。重点学科领域：热带海洋环境动力与生态过程、边缘海地质演化与油气资源、热带海洋生物资源可持续利用与生态保护和海洋环境观测体系及其关键技术。
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中国科学院深海科学与工程研究所
中国科学院深海科学与工程研究所位于中国海南省三亚市鹿回头半岛，是中国科学院2011年启动筹建，由海南省人民政府、三亚市人民政府和中国科学院三方联合共建，直属中国科学院的科研事业单位。2017年8月，中科院依托深海所，筹建中科院深海技术创新研究院。研究所定位：利用地域位置，避开传统领域的竞争，形成专业特色，营造文化优势，进入国际前沿，在我国最为临近深海的省份建立完备的国立深海研发基地，成为国家深海研发试验的共享开放平台，填补我国深海战略上的地域空白。突破大深度海洋研究的禁区，突破海洋科学与工程之间，深海科学、深海工程技术研发与海上作业试验之间长期以来相互割裂的障碍，以深海、科学与工程技术的结合、共享与开发平台为基点，构筑科学研究-工程技术-深海作业融合性体系，强化中科院在我国深海事业中的战略性地位。通过牵头组织重大项目，挖掘和促进我院目前非涉海科研团队在海洋科学和工程方面的研发资源和潜力，形成科学院综合优势，增强我院在国家深海战略中的集团性力量，引领我国深海科学、深海技术、资源开发利用和产业化发展。
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中国科学院广州能源研究所
广州能源研究所成立于1978年，前身为1973年成立的广东省地热研究室。1998年4月原中国科学院广州人造卫星观测站并入广州能源所。目前形成了以生物质能、海洋能、太阳能、地热能、固体废弃物能、天然气水合物和节能与环保为重点方向的学科布局，是国家能源生物燃料研发中心、中国科学院可再生能源重点实验室、中国科学院天然气水合物重点实验室、中国科学院广州天然气水合物研究中心和广东省新能源和可再生能源研究开发与应用重点实验室的依托单位。
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