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中科院上海分院
中科院上海分院是中国科学院的派出机构，主要负责联系和管理中国科学院在上海、浙江、福建地区的研究院所工作，在物质科学与技术领域，包括同步辐射、核科学与核技术、高能量密度物理、有机化学与有机材料、无机非金属材料和金属材料、天体物理、天文地球动力学和技术方法等；在信息科学与技术领域，包括通信技术、微电子技术、光电子技术、激光技术、红外技术等；在生命科学与技术领域，包括生物化学与分子生物学、细胞生物学、神经生物学、植物生理学、分子遗传学、创新药物和生物技术、病毒学与免疫学、健康营研究等优势研究领域有着长期的积累。<br/>中科院上海分院现有上海微系统与信息技术研究所、上海硅酸盐研究所、上海光学精密机械研究所、上海应用物理研究所、上海技术物理研究所、上海有机化学研究所、上海生命科学研究院、上海天文台、上海药物研究所、上海巴斯德研究所、福建物质结构研究所、宁波材料技术与工程研究所、城市环境研究所和上海高等研究院。上海分院系统有13个国家重点实验室、31个中科院重点实验室，以及中科院上海教育基地、中科院上海国家技术转移中心、中科院上海交叉学科研究中心14个法人研究机构。
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中国科学院上海分院
上海分院是中国科学院的派出机构，负责联系和管理中国科学院在上海、浙江、福建地区的研究院所工作。上海分院始于1950年3月经政务院批准成立的中科院华东办事处，接管并改造了原中央研究院和北平研究院在上海、南京的研究机构，1958年11月成立上海分院，1961年改为华东分院，1970年中科院撤消分院体制，1977年11月恢复成立中科院上海分院。上海分院系统现有19家机构（含上海分院）：上海微系统与信息技术研究所、上海硅酸盐研究所、上海光学精密机械研究所、上海应用物理研究所、上海技术物理研究所、上海有机化学研究所、上海营养与健康研究所、分子细胞科学卓越创新中心、脑科学与智能技术卓越创新中心、分子植物科学卓越创新中心、上海天文台、上海药物研究所、上海巴斯德研究所、福建物质结构研究所、宁波材料技术与工程研究所、城市环境研究所、上海高等研究院、微小卫星创新研究院。上海分院系统有13个国家重点实验室、39个中科院重点实验室，以及中科院上海教育基地、中科院上海国家技术转移中心、中科院上海交叉学科研究中心。
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中国科学院新疆分院
中科院新疆分院成立于1957年7月30日，作为中国科学院在少数民族自治区设立的唯一一所分院，创立之初即定位为新疆经济、社会、科技发展服务。中科院新疆分院是中国科学院在新疆的派出机构，主要职能有：承办中科院交办的有关事务；协助中科院进行所在地区研究所领导班子建设；在授权范围内代表中国科学院与地方开展合作；为所在地区研究所提供服务。中科院新疆分院系统包括4个独立法人单位，即中科院新疆分院机关、新疆生态与地理研究所、新疆理化技术研究所、新疆天文台。现有国家级重点实验室2个（含培育），中科院重点实验室4个，自治区重点实验室8个，国家工程研究中心1个，国家工程技术研究中心1个，自治区工程技术研究中心6个，国家级野外台站3个，中科院级野外台站7个，国家级科普教育基地2个,海外研究基地4个、野外站12个。形成了十二个特色研究领域和方向：绿洲生态与绿洲农业，荒漠环境与生态修复，干旱区生物多样性，中亚成矿域与地质成矿，中亚自然资源与生态环境；资源化学、材料物理与化学、多语种信息技术、环境工程与技术；射电天文与技术、光学天文与技术应用、应用天文。
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中国科学院北京分院
中国科学院北京分院是中国科学院机关的派出机构，于2005年3月1日成立，负责联系和管理中国科学院在北京、天津、山西的研究院所工作，负责各单位领导班子建设、科研成果转移转化（院地合作工作），以及党建、纪检、监察、审计和相关事务管理工作，并协调院与北京市有关部门的对口联系，承担院委托的其他工作。北京分院系统现有40个研究机构，2个公共支撑单位和2个其他单位。分院系统拥有3个国家实验室和47个国家重点实验室，10个国家工程实验室，13个国家工程（技术）研究中心，104个中国科学院重点实验室。
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中国科学院南京分院
中国科学院南京分院是中国科学院的派出机构，负责联络和协调中国科学院在江苏地区的研究所，协助做好各单位领导干部队伍建设，指导属地研究所党建、纪检和监察工作，负责江苏、江西两省的院地合作和中科院院士联络。1950年中国科学院接管原中央研究院在南京的科研单位，成立中国科学院华东办事处。1978年11月，经批准建立中国科学院南京分院。南京分院系统现有九家法人研究机构，包括：紫金山天文台、南京地质古生物研究所、南京土壤研究所、南京地理与湖泊研究所、国家天文台南京天文光学技术研究所、中科院南京天文仪器有限公司、苏州纳米技术与纳米仿生研究所、苏州生物医学工程技术研究所，江苏省中国科学院植物研究所。南京分院系统拥有国家重点实验室3个、国家工程实验室2个、部委综合实验室1个，中科院重点实验室11个（含筹）。建有野外工作台站15个，其中国家重点台站4个。
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中国科学院武汉分院
中国科学院武汉分院筹建于1956年，1958年7月正式成立。中国科学院武汉分院是中国科学院在武汉的派出机构，其主要职能是，协助院进行所在地区研究所领导班子建设，在授权范围内代表中国科学院与地方开展合作，为所在地区研究所提供服务，承办院交办的有关事务。武汉分院系统包括7个独立法人单位，即分院机关、武汉岩土力学研究所、精密测量科学与技术创新研究院、武汉病毒研究所、水生生物研究所、武汉植物园、武汉文献情报中心。此外，还包括非独立法人的中国科学院武汉教育基地。现有5个国家重点实验室，2个国家级工程技术研究中心，7个中国科学院重点实验室，4个湖北省重点实验室。武汉分院各研究所以基础研究、应用研究为主。其主要研究领域包括岩土力学工程、地层信息系统、地基工程、波谱与原子分子、电离层、原子频标、数学物理、普通病毒学、生物防治、分析生物技术、大地测量、地球物理、环境科学、水生态环境、水生生物资源、淡水渔业、植物资源保护与开发利用、植物遗传、水生植物等。
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中国科学院沈阳分院
中国科学院沈阳分院是中国科学院的派出机构，负责联络和协调中国科学院在辽宁省和山东省的研究所。沈阳分院的前身是1952年成立的中国科学院东北分院，负责管理中国科学院驻东北的工业化学研究所等8个科研单位。沈阳分院系统现有7个法人研究所：在辽宁省的大连化学物理研究所、金属研究所、沈阳应用生态研究所、沈阳自动化研究所，在山东省的海洋研究所、青岛生物能源与过程研究所、烟台海岸带研究所。沈阳分院主要负责研究所的领导班子建设和科研成果向地方的转移转化工作（院地合作工作），此外，还负责联系中国科学院控股有限公司所属的沈阳计算技术研究所有限公司和沈阳科学仪器股份有限公司（转制公司）的党建与创新文化和院地合作工作。沈阳分院系统各研究所（转制公司）拥有国家级重点实验室6个、国家工程中心10个，主要研究领域以技术科学和资源环境科学为主，包括化学与化工技术、材料科学与工程、工业控制与自动化、机器人技术、计算机应用与信息技术、数控技术、生物技术、能源科学与技术、农业技术、海洋技术、环境科学与工程、生态工程与环保技术等。
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辽宁省中医院分院
龙盛中医院、辽宁中医分院是由辽宁中医大学及各附属医院退休的主任医师、教授、护士长组建的一所集医疗、教学、科研、保健为一体的中医专家医院，是市医疗保险定点单位。本院设19个科室，专家近30人，住院床位50张。引进国外先进的DR、四维彩超等高精尖诊疗设备为医患服务。院内环境清洁优雅、宽敞舒适。本院拥有辽宁省名中医、沈阳市名医、辽宁中医药大学名医及教授、主任医师二十多人；高级检验师一人。医院秉承“知名专家、重点专科、优势专病、特效专方”的办院宗旨。中西医治疗特色鲜明，疗效显著，尤其是神经内专科、心血管病专科、皮肤病专科、肾病专科、耳鼻喉病专科、妇科病专科、风湿病专科、消化病专科、呼吸病专科、糖尿病专科、骨伤病专科、疮疡专科、血管外科、肿瘤专科等，均处于国内领先地位。
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中国科学院广州分院
中科院广州分院于1956年筹建，1958年12月成立。1961年广州分院与武汉分院合并成立中南分院。1969年中南分院撤销。1978年5月恢复广州分院。广州分院为中科院机关派出机构，联系中科院在广东的南海海洋研究所、华南植物园、广州能源研究所、广州地球化学研究所、广州生物医药与健康研究院、深圳先进技术研究院、广州化学有限公司、广州电子技术有限公司，在湖南的亚热带农业生态研究所，在海南的深海科学与工程研究所。此外，依托广州分院的非法人单元有4个：中科院广州产业技术创新与育成中心（广州中科院工业技术研究院）、中科院佛山产业技术创新与育成中心（佛山中科院产业技术研究院）、中科院云计算产业技术创新与育成中心、中科院广州技术转移中心。在深圳、东莞、江门、惠州等地，建成和在建、拟建有5个国家重大科技基础设施建设项目，如中国散裂中子源工程、江门中微子实验项目等。
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中国科学院昆明分院
中国科学院昆明分院前身是中国科学院成立于1957年的中国科学院昆明办事处，1958年扩建为中国科学院云南分院，1962年，中国科学院云南分院与四川分院、贵州分院合并，共同在成都成立中国科学院西南分院。1978年10月，经国务院批准，西南分院撤销，成立中国科学院昆明分院。昆明分院作为中国科学院机关的派出机构，负责联络和协调中国科学院在云南和贵州地区的昆明植物研究所、昆明动物研究所、西双版纳热带植物园、地球化学研究所、国家天文台云南天文台5个科研单位。昆明分院建有4个国家重点实验室，6个院重点实验室，8个院地共建重点实验室，2个院级研究中心，3个共建工程中心，有中国西南野生生物种质资源库、探月工程地面应用系统40米射电望远镜、亚洲最大口径的2.4米通用光学望远镜、亚洲最大的地面太阳观测基地-抚仙湖一米太阳塔、西双版纳万种植物园和昆明动物博物馆、西南生物多样性实验室等重大科研平台，拥有一批先进的大型科研仪器设备和完善的计算机网络系统及生物多样性信息系统。
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